微生物肥料可用于拌種、浸種、蘸根、做底肥、追肥，溝施或穴施。

        微生物肥料的施用方法比化肥、有機(jī)肥要嚴(yán)格，因此要注意：一是避免開(kāi)袋后長(zhǎng)期不用。肥料買(mǎi)回家后盡快施到地里，開(kāi)袋后盡量一次用完。包裝袋打開(kāi)后其它細(xì)菌就可能浸入袋內(nèi)，使微生物菌群發(fā)生改變，影響其使用效果。二是避免在高溫干旱條件下使用。高溫和干旱會(huì)影響微生物菌群的生存和繁殖，不能使肥料發(fā)揮其良好的作用。三是避免與未腐熟的農(nóng)家肥或過(guò)酸堿的肥料混合使用。這兩種肥料會(huì)因?yàn)闇囟然蛩釅A度而影響微生物肥料的正常發(fā)揮。四是避免與農(nóng)藥同時(shí)使用。化學(xué)農(nóng)藥都會(huì)不同程度的抑制微生物的生長(zhǎng)和繁殖，甚至殺死微生物。（凡蘭）